Todos os motores precisam respirar. Além de garantir que o motor tem ar suficiente, como o ar é fornecido a esse mesmo motor, foi outra das preocupações. Como o ar entra no compressor, como o ar comprimido entra no motor, como a mistura ar-combustível queimado é descarregado. Todos estes parametros foram cuidadosamente analisados para optimizar e maximizar a eficiência do fluxo de ar.Duas grandes entradas posicionadas na parte superior da carenagem fornecem o ar necessário para alimentar toda a potência da Ninja H2R.